La palabra Chilapa proviene del vocablo náhuatl chilapan, que significa “Chilar en el agua”. También existen otras versiones como la que dice que se deriva del vocablo chilapan, de chilli: rojo atl: entre agua y río y pan: lugar, que significa “en el río rojo”.
Otra afirma que originalmente se llamó Tlachichinolapa, que significa: “lugar de aguas coloradas” y que con el tiempo quedó como Chilapa; el agregado de Álvarez se le dio en homenaje al general Juan Álvarez .
Dividido en dos cuarteles, el superior en fondo azul marino, simbolizando lo regional, vigorizando la personalidad del pueblo Cohuixca, significa también el agua que es fuente de la vida. Sobre el fondo el glifo de Chilapa.
El cuartel inferior tiene un fondo de color rosa, símbolo de la nueva vida, en el centro un torreón de fuente medieval, una pirámide y el templo románico que simboliza los brazos en alto que rezan y luchan por medio del trabajo fecundo y productor de bienes.
A la izquierda, sobre la pirámide, aparece un jaguar rampante, símbolo de la raza olmeca cohuixa, a la derecha, sobre la torre un león rampante, símbolo de la raza castellana que unidos originaron el mestizaje creando una nueva raza, sabia y virtuosa de grandes esperanzas.
Historia: El 23 de octubre de 1821, consumada la Independencia e instaurada su monarquía, Agustín de Iturbide creó la Capitanía General del Sur, con cabecera oficial en Chilapa, quedando al frente el general Vicente Guerrero. En 1822, Nicolás Bravo y Vicente Guerrero publican un manifiesto en Chilapa donde desconocen el Imperio de Iturbide y proclaman la República.
El 28 de julio de 1822 se instala en Chilapa la imprenta nacional del sur, tercera en la entidad, iniciándose la publicación del periódico Relámpago. En septiembre de 1833, don Juan Álvarez, en su calidad de diputado federal, es comisionado para combatir a las fuerzas opositoras en Chilapa, al frente de las cuales se encontraba el coronel Luis Domínguez, quien militaba bajo las órdenes de don Nicolás Bravo. El 5 de marzo de 1834 don Juan Álvarez, junto con las fuerzas enviadas por don Guadalupe Victoria, derrota a Domínguez en Chilapa.
Fiestas y tradiciones: En Acatlán, el 25 de abril se bendice la semilla, seis días después la gente se dirige al cerro de Cruzco, en donde se hace una ceremonia de petición de agua que dura cuatro días. En la ciudad de Chilapa las principales fiestas son: el 19 de marzo, en el barrio de San José, la más antigua de las celebraciones cristianas, data del Siglo XVI; el 13 de junio, en el barrio de San Antonio, y el 24 de junio en el barrio de San Juan.
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